Adapun misi dari pelayanan SION Kupang yang sejalan dengan visi dan kerangka kegiatan tersebut adalah :
1.Mengajar dan mendidik mahasiswa untuk menanamkan nilai-nilai kebenaran sehingga mahasiswa memiliki hidup yang sesuai standar kebenaran Firman Tuhan.
Proses penanaman nilai dilakukan melalui kelompok-kelompok permuridan yang dipisahkan menurut jenis kelamin. Pertemuan kelompok-kelompok permuridan dilakukan minimal seminggu sekali untuk mempelajari dasar-dasar nilai kekristenan dalam suatu kerangka kurikulum yang telah dipersiapkan. Setiap kelompok permuridan dibapai oleh seorang mentor pekerja Kristus yang terlebih dahulu telah setia dilayani pemulihan dasar, dibentuk dalam kehidupan pelayanan SION Kupang, dan mengikuti proses kaderisasi yang diadakan setiap tahunnya.
Dengan mengikuti pola yang berulang seperti ini, maka mahasiswa yang saat ini dilayani dalam kelompok permuridan, suatu hari akan diangkat menjadi mentor dan membapai kelompok permuridan dari angkatan mahasiswa yang baru. Dengan cara seperti ini, proses penanaman nilai akan berlangsung dengan berkesinambungan dan efektif sesuai prinsip Firman Tuhan dari yang berbunyi demikian :
Apa yang telah engkau dengar dari padaku di depan banyak saksi, percayakanlah itu kepada orang-orang yang dapat dipercayai, yang juga cakap mengajar orang lain (2 Timotius 2:2)
2.Melatih karakter setiap mahasiswa untuk memiliki karakter seperti karakter Kristus, berubah dari kebiasaan lama yang tidak membangun, lepas dari mental malas, dan keluar dari mental pengemis sehingga dihasilkan pekerja-pekerja Kristus yang tangguh dan siap membayar harga untuk suatu kegerakan
Kita mengerti bahwa untuk diselamatkan, Kritus telah membayar harganya, sedangkan untuk mengikuti Kristus, kitalah yang harus membayar harganya. Proses pelatihan karakter dilakukan kepada setiap mahasiswa dalam kelompok permuridan dengan intensitas sesuai tingkat kerohanian mahasiswa. Para mentor dari setiap kelompok permuridan akan bertindak seperti bapa yang mengasihi dan bapa yang mendidik. Tidak hanya kebenaran Firman yang disampaikan tetapi juga gaya hidup Kerajaan Surga yang diimpartasikan dari para mentor kepada anak-anak didiknya.
Nilai-nilai dasar yang akan diterapkan dalam kelompok permuridan adalah bayar harga (go extra mile), kedisplinan, ketepatan waktu, kejujuran, pengaturan jadwal, manajemen keuangan, dan integritas tindakan. Dalam hal inilah kelompok permuridan sungguh-sungguh berperan sebagai keluarga rohani yang mengajar, mendidik, mengayomi dan member teladan bagi mahasiswa yang dilayani.
3. Memperlengkapi mahasiswa dengan berbagai keterampilan dan pengetahuan di dalam dunia pelayanan dan dunia sekuler sehingga setiap mahasiswa dapat memberdayakan setiap potensi dan talenta dengan lebih efektif dan efisien
Selain pendidikan dan pengajaran di dalam kelompok-kelompok permuridan, pelayanan SION Kupang juga berkomitmen untuk melatih keterampilan teknis dasar bagi para mahasiswa. Hal ini sejalan dengan nilai pelayanan SION Kupang untuk mengobarkan setiap karunia rohani yang dimiliki. Keterampilan dasar yang dipersiapkan meliputi bidang musik dalam pelayanan, bidang multimedia, public speaking, doa korporat, softskill, mobilisasi, leadership, manajemen database dan keterampilan berorganisasi.
Dalam pelaksanaannya, akan ada berbagai pelatihan keterampilan dasar yang dilakukan selain yang telah disebutkan sebelumnya. Dengan demikian diharapkan para alumni pelayanan SION Kupang akan memiliki kompetensi yang memadai baik di dunia pelayanan ataupun di dunia sekuler.
4.Mengutus mahasiswa ke berbagai tempat dalam berbagai profesi pekerjaan untuk memberi dampak yang nyata di segala bidang di segala kota di mana mereka telah ditempatkan.
Matius 28:19-20 mengajarkan kita tentang amanat agung untuk pergi dan menjadikan semua suku bangsa menjadi murid Tuhan. Sekalipun kita tidak dapat pergi dan hanya dapat tinggal di kota Kupang, maka sudah bagian kita untuk mengutus murid-murid kita pergi dan menggenapi amanat agung ini. Kita percaya bahwa yang pergi dan yang tinggal, upahnya sama (1 Samuel 30:24).
Para alumni pelayanan SION Kupang akan mendapat pemerlengkapan terarah sehingga siap memberi yang terbaik di ladang misi sesuai profesi masing-masing alumni. Dalam hal ini pelayanan SION Kupang akan bertindak sebagai “induk rajawali” yang mendukung para alumni dalam berbagai hal termasuk keuangan dan doa.
Harapan kami, para alumni pelayanan SION Kupang juga kembali merintis pelayanan di berbagai kota dengan visi, nilai, dan misi yang telah diajarkan di Kupang sehingga terjadi multiplikasi jiwa-jiwa yang dimenangkan, dilayani, dan diutus ke kota-kota lain sampai ke seluruh Indonesia dan sampai suku-suku bangsa yang belum mengenal Kristus.
