Bermula dari IBC (Intensive Bible Course) yang diadakan di Waikabubak, pulau Sumba, Nusa Tenggara Timur oleh rekan-rekan mahasiswa dari kota Bandung, berdirilah pelayanan SION Waikabubak pada tahun 2003. Pelayanan SION Waikabubak, yang dipimpin oleh Reynold Tampubolon, alumni teknik perminyakan ITB angkatan 1995, mulai perlahan menjangkau anak-anak muda terutama dari golongan pelajar SLTP dan SLTA di Waikabubak. Seiring berjalannya waktu, pelajar-pelajar yang telah dilayani di SION Waikabubak, akhirnya berangkat kuliah ke kota Kupang.
Para mahasiswa ini kemudian berkumpul dan sepakat memulai persekutuan di kota Kupang setiap minggunya. Kasih karunia Tuhan melimpahi mahasiswa-mahasiswa ini dengan hati yang menyadari bahwa Kupang adalah jalan masuk bagi Injil ke seluruh Nusa Tenggara Timur. Pelayanan Sion Kupang mulai resmi mengadakan kegiatan mingguan sejak April 2009 tetapi belum ada yang mengayomi para mahasiswa ini.
Di tempat lain, di Bandung, saudara Eduard Erwin Hutapea dan istrinya saudari Eva Ary Yunita Sitorus sejak April 2008, sudah diberi tahu akan ditempatkan di kantor Compassion di Kupang. Dengan pertolongan tangan Tuhan, mereka dipertemukan dengan saudara Reynold Tampubolon dan akhirnya tongkat estafet pelayanan Sion ini diserahkan kepada saudara Eduard Erwin Hutapea dan Eva Ary Yunita Sitorus. Kemudian saudara Eduard Erwin Hutapea dan Eva Ary Yunita Sitorus diutus ke Kupang untuk menggembalakan Sion Kupang sejak Juli 2009.
Oleh dorongan Roh Kudus, saudara Ricky Nelson Tambun alumni Teknik Pertambangan ITB 2004 juga menetap di Kupang sejak November 2009. Ketiga saudara ini, bahu membahu memuridkan mahasiswa-mahasiswa yang telah memberi diri di pelayanan SION Kupang. Meskipun demikian, rekan-rekan pelayanan mahasiswa dari kota Bandung tetap mendukung dan mengayomi pelayanan SION Kupang dalam doa dan dana. Semua kami lakukan untuk kemuliaan Tuhan semata, biarlah namaNya ditinggikan di seluruh Kupang, Nusa Tenggara Timur, dan sampai seluruh Indonesia.
